原名慈云庵，，为两淮八大从林之首。始建于明万历四十三年（1615年）。康熙十四年（1675年），清顺治皇帝之师—玉琳国师，离宫南游，止于慈云庵，于当年8月10日说谒趺坐而逝，肉身不坏。后康熙皇帝下诏，钦赐慈云禅寺匾额，加大扩建，改庵为寺，乾隆四年（1739年）大功告成，宝刹生辉，香火鼎盛，蜚声海内外。慈云禅寺历经沧桑，几度兴衰，1986年2月，被省政府列为重点寺庙加以保护。方丈德林法师委托监院觉顺法师重新修整慈云禅寺，1994年12月15日，修缮一新的慈云禅寺，正式对外开放。寺内殿堂厅堂，建筑设计宏伟壮观；佛像塑造，艺术精湛；国师殿内，新塑玉琳国师像，形神兼备，栩栩如生。僧寮、客房、斋堂齐备。